Une étude mondiale sur les microbes de 60 villes révèle que chacune d'entre elles possède une empreinte microbienne spécifique

Un consortium international a présenté la plus grande étude métagénomique mondiale sur des microbiomes urbain, qui couvrent à la fois l’air et les surfaces de 60 villes. Ce projet international a permis le séquençage et l’analyse d’échantillons provenant des transports en communs de villes de six continents, il présente ainsi une analyse et une annotation à large échelle des espèces microbiennes identifiées, incluant des milliers de bactéries, virus et deux archées qui ne figurent pas dans les bases de données de référence. Cette étude a été publiée le 26 mai 2021 dans la revue Cell.

Dans le laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative, l’accent a été mis sur une politique de sciences citoyenne. Un grand nombre de membres du laboratoire et d’étudiants de Sorbonne Université font partie du Consortium Internationale MetaSUB et ont participé à la collecte d’échantillons : étudiants en licence et en master, gestionnaires, ingénieurs, enseignants et chercheurs.

Cette étude a montré que chaque ville possédait son propre « écho moléculaire » des microbes qui la définissent. Cela implique qu’avec une chaussure, il est possible de déterminer avec une précision d’environ 90% la ville d’où vous venez. Les microbiomes urbains contiennent une grande quantité inexploitée de diversité virale jamais observée auparavant dans d'autres environnements. De nouveaux antibiotiques et de petites molécules, annotées à partir de grappes de gènes biosynthétiques, sont prometteuses pour le développement de médicaments.

Ces nouvelles recherches joueront un rôle dans la détection des épidémies d’infections connues et inconnues. Elles contribueront également à de nouvelles découvertes sur l’évolution de la vie microbienne, et auront de nombreuses applications pratiques potentielles (nouveaux antibiotiques, nouveaux réseaux CRISPR, …). Une rampe de métro ou un banc sont une abondance de biodiversité de nouvelles molécules pour les thérapies, au même titre qu’une forêt tropicale.

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Equipe principalement impliquée au Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative : Génomique Analytique

Danko, D., Bezdan, D., Afshin, E. E., Ahsanuddin, S., Bhattacharya, C., Butler, D. J., Chng, K. R., Donnellan, D., Hecht, J., Jackson, K., Kuchin, K., Karasikov, M., Lyons, A., Mak, L., Meleshko, D., Mustafa, H., Mutai, B., Neches, R. Y., Ng, A., … C.E. Mason and The International MetaSUB Consortium (2021). A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance. Cell. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.002