Microscopie Photonique

La Plate-Forme de Microscopie photonique offre des techniques d’imagerie du niveau sub-cellulaire jusqu'à l'échelle de l'organisme, ainsi que de cytométrie en flux. 4 ingénieurs (1 IR-CNRS, 1IR-SU, 2 IE-CNRS et 1IE-INSERM) assurent la maintenance et le contrôle qualité de l’équipement, la formation et l’accompagnement des utilisateurs ainsi que le développement technologique et méthodologique et l’animation scientifique.

La plateforme d'Imagerie Cellulaire donne accès à un grand parc d'instruments optiques (microscopes confocaux, microscopes spinning disc, vidéomicroscopes, microscope multiphoton, microscope FLIM-LIFA, macro-apotome, analyseurs multilasers et trieur de cellules).

De plus, la plateforme met à disposition de multiples accessoires (platines motorisées, chambres thermostatées, module de clonage, passeurs de plaques) ainsi que des outils d’analyse dédiés (Huygens, Metamorph, Volocity, FlowJo, Venturi-One, etc.) pour répondre aux besoins en imagerie de différents organismes modèles étudiés à l’institut (poisson zèbre, C. élégans, drosophile, souris, poulet, xénope, A. thaliana).

La plateforme s'approprie de nouvelles méthodes d'imagerie et de cytométrie en flux (F-techniques, FLIM, imagerie spectral, imagerie du vivant, tri de populations rares, analyse multicouleur) en collaboration avec les groupes de recherche, et met son expertise au service de toute la communauté scientifique.

Les missions d'accompagnement, de formation et de développement méthodologique se traduisent par des collaborations scientifiques, des actions de valorisation (publications, conférences) et l'organisation de cours.

Réservation en ligne

L'offre, accessible par réservation en ligne, s'adresse à tous les acteurs de la recherche (IBPS, campus P6, organismes publics de recherche, entreprises privées.

Equipements

L'offre, accessible par réservation en ligne, s'adresse à tous les acteurs de la recherche (IBPS, campus P6, organismes publics de recherche, entreprises privées).

Prestations

Présentation des prestations :

Toute prestation proposée par la plateforme peut être accompagnée d'une aide à la conception, au suivi, à la réalisation, au rendu et à l'analyse des stratégies expérimentales envisageables sur nos équipements.

Types de prestations :

  • Séance d'observation autonome : utilisation autonome, attribution d'un compte utilisateur, mise à disposition des données
  • Séance d'observation assistée d'un ingénieur : acquisition de données par un ingénieur, attribution d'un compte utilisateur, mise à disposition des données.
  • Traitement et analyse de données
  • Projet collaboratif à long terme 

Méthodologie

  • Imagerie tri-dimensionnelle de la cellule à l’organisme entier
  • Imagerie du vivant
  • Photomanipulation (FRAP, Photoconversion, photoablation)
  • Imagerie spectrale
  • Restauration et analyse d’images : Analyse de co-localisation, déconvolution (champs-large, confocal, spinning disc, multiphoton), reconstitution 3D

R&D sample preparation and processing

Nous suivons trois axes de développement méthodologique :

  • Optimisation de la résolution axiale : Nous travaillons d’une part à l’optimisation de la préparation d’échantillons et d’autre part au traitement d’images par déconvolution pour permettre d’améliorer substantiellement la résolution axiale en microscopie confocale. Nous étudions l’amélioration de la résolution axiale dans des échantillons fixés épais (cerveau de souris, poisson zèbre) immuno-marqués ou portant des protéines fluorescentes. De plus, nous étudions l’importance de la déconvolution systématique de données.
  • Amélioration des conditions pour l’imagerie du vivant pour minimiser la photo-toxicité : L’imagerie est une des techniques de pointe qui permet d’observer la cellule vivante mais, l’utilisation de la lumière peut souvent perturber ces processus à cause de la photo-toxicité. Apprécier l’impact de la lumière sur la cellule constitue une question fondamentale en imagerie. Quel protocole d’imagerie est le moins photo-toxique et donc le plus adapté pour une expérience donnée? Dans cette optique, nous avons développé un outil pour mesurer la photo-toxicité sur cellules vivantes basé sur une sonde fluorescente ratiométrique.
  • Développement d’outils d’analyse spatiale : La plateforme a une expertise avérée dans l’analyse d’évènements cellulaires comme la co-localisation (Bolte and Cordelières, 2006, Cordelières and Bolte, 2014). Dans le passé, nous avons utilisé “JaCoP”, un greffon pour ImageJ. Cet outil d’analyse est restreint, car il est basé sur les intensités. C’est la raison pour laquelle nous avons développé récemment un outil plus avancé pour l’analyse des associations de structures cellulaires basé sur la détection d’objets et l’analyse de relations spatiales en 3D. Cet outil automatisé s’appelle DiAna (Distance Analysis) et a été conçu en collaboration avec Dr. T Boudier (Image & Pervasive Access Lab, IPAL, Singapour).

Multimedia

JaffredoGilles

Imaging facility during lock-down

Hi everybody, 
We inform you that the imaging facility is open during the lockdown.

  • Only autonomous users will be admitted to use the facility equipment between the 2 November and the 1 December.
  • Make sure that you inform your team or supervisor of you presence at the facility, isolated work is forbidden.
  • It is compulsory to respect the security measurements displayed at the doors of the facility.
  • It is compulsory to wear FFP2 masks all the time inside the facility. Reparation of the ventilation system is underway but not yet finished. You will find a little stock of these masks in the laboratory L2.


The imaging staff is in home-office (only one staff member is coming in 2 times / week), however, they can remotely accès to the systems and work stations and respond to you demands via phone. 
Your imaging facility team

Collaborations

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