Structure des réseaux génétiques

Nous nous intéressons au fonctionnement et à l’évolution des réseaux de gènes impliqués dans le contrôle de l’expression des gènes chez les levures. 

L’équipe a deux projets principaux :

Premièrement, nous utilisons des approches globales (transcriptomique et immunoprécipitation de chromatine) pour décrire et analyser la réponse du génome de différentes espèces de levures (pathogènes et non pathogènes) à différents stress environnementaux. Ceci nous permet de tirer des leçons générales sur la façon dont la régulation de l’expression des gènes évolue mais aussi d’étudier la diversité de réponse observée et son éventuelle corrélation avec la physiologie et le mode de vie des espèces étudiées.

Deuxièmement, nous combinons des approches d’imagerie en molécule unique, de protéomique et d’exploitation du polymorphisme intraspécifique chez la levure modèle S . cerevisiae pour étudier les réseaux de contrôle de l’expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. Plus précisément, nous nous intéressons aux contrôles spécifiques de la traduction, au concept de ribosomes spécialisés et à leur lien avec la physiologie de la cellule.

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Thèmes de l'équipe :

Transcriptomique comparative et génomique fonctionnelle

- Régulation spatio-temporelle de l'expression du génome

- Comparaison de phylogénies de transcriptomes et de génomes

- Evolution des réseaux de régulation inter- et intra-spécifiques

- Régulations de la traduction et de la localisation des ARNm

Résultats importants et futures directions

  • Description de la réponse aux stress chimiques de 8 espèces de levures.
  • Découverte d'un répresseur transcriptionnel des oxydases nitriques
  • chez les levures pathogènes et analyses de l'évolution de cette régulation.
  • Mise au point d'une méthode d'analyse des données
  • d'immunoprécipitation de la chromatine couplée au séquençage à haut débit.
  • Caractérisation d'une protéine de levure qui définit des
  • sous-populations de ribosomes impliqués dans la traduction d'ARNm
  • spécifiques.

Collaborations

  • Institut Jacques Monod, Paris – Benoit Palancade
  • Institut Jacques Monod, Paris – Gaëlle Lelandais/ Jean-Michel Camadro
  • Institut Pasteur, Paris- Christophe D’enfert
  • Jawaharlal Nehru University, New Delhi, India– Rajendra prasad
  • ITQB, Oeiras, Portugal – Claudina Rodrigues-Pousada
  • Université de Minho, Braga, Portugal- Sandra Paiva
  • IBPS, Paris- Elodie Laine/Hughes Richard/Alessandra Carbone
  • IBPS, Paris- Stéphane Le Crom
  • IBPC, Paris- Josette Banroques/ Kyle Tanner
  • IBPC, Paris- Lionel Bénard/Claire Torchet