Analyse d'images

Equipements

L'offre, accessible par réservation en ligne, s'adresse à tous les acteurs de la recherche (IBPS, campus P6, organismes publics de recherche, entreprises privées).

  • Microscope ZEISS 980 FAST-Airyscan II droit couplé FLIM
  • Microscope ZEISS 980 FAST AIryscan II inversé couplé FLIM
  • FLIM Becker&Hickl
  • Microscope confocal Leica TCS SP5 AOBS droit
  • Microscope confocal Leica TCS SP5 AOBS/scanner - résonant inversé
  • Microscope biphoton/confocal Leica TCS SP8 MPII/ scanner résonant droit
  • Phaseview Alpha 3 Lightsheet Microscope
  • Microscope SPINNING DISK /ILAS II droit
  • NIKON TIRF/Vidéomicroscope inversé
  • Macro-apotome
  • Analyseur VYB
  • Analyseur MACSQuant
  • 3 stations de traitement et analyse de données via ImageJ, Huygens, Metamorph, Volocity, FlowJo, Venturi-One

Contact et prestations

Pour contacter la plateforme, merci d'envoyer un mail à :

imagerie.ibps@listes.upmc.fr

Toute prestation proposée par la plateforme peut être accompagnée d'une aide à la conception, au suivi, à la réalisation, au rendu et à l'analyse des stratégies expérimentales envisageables sur nos équipements.

Types de prestations :

  • Séance d'observation autonome : utilisation autonome, attribution d'un compte utilisateur, mise à disposition des données
  • Séance d'observation assistée d'un ingénieur : acquisition de données par un ingénieur, attribution d'un compte utilisateur, mise à disposition des données.
  • Traitement et analyse de données
  • Projet collaboratif à long terme 

Expertise
  • Aide à la préparation d'échantillon (Clarification, conseil immunomarquage...)
  • Imagerie tri-dimensionnelle de la cellule à l’organisme entier
  • Imagerie du vivant
  • Photomanipulation (FRAP, Photoconversion, photoablation)
  • Imagerie spectrale
  • Imagerie durée de vie de fluorescence
  • Restauration et analyse d’images : Analyse de co-localisation, déconvolution (champs-large, confocal, spinning disc, multiphoton), reconstitution 3D...

Responsable

Jean-François GILLES (IE 100%)

Comment citer la plateforme dans les articles

1. Citer la plateforme d'imagerie dans les "acknowledgments":

Les demandes de financement nécessaires au développement de la plate-forme rendent indispensables que l'activité de cette plate-forme soit explicitement reconnue. Cette reconnaissance doit impérativement se traduire, dans les articles, par la mention ci-dessous dans les « acknowledgements » pour quelconque utilisation :

Image acquisition and/or image analysis were performed at the IBPS Imaging Facility / the authors greatly acknowledge ________ of the IBPS Imaging Facility. The IBPS Imaging facility is supported by Region-Île-de-France, Sorbonne-University and CNRS.

Lorsque la participation du personnel de la plate-forme a été décisive, la signature d'un ingénieur doit être envisagée.

Merci également de nous indiquer les références des publications incluant des donnée obtenues grâce à la plate-forme. 

ACTUALITÉS

Médaille du Cristal 2022

Jean-François Gilles a été récompensé par la médaille du Cristal du CNRS pour son développement d’un plugin, Distance analysis (DiAna), pour le logiciel ImageJ dédié au traitement et à l’analyse d’images pour la recherche biomédicale. 

DiAna, qui peut être utilisé avec des images renseignées sur la base de métadonnées, et qui intègre également des options pour la segmentation des objets, est une réponse à un fort besoin de la communauté scientifique internationale puisqu’il permet de calculer la colocalisation spatiale des objets 3D et de mesurer la distance entre ces derniers.

Plan d'accès

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Tarifs

Publications

Toutes les publications de la plateforme

Collaborations

Dr. Thomas BOUDIER, CENTURI mutli-engineering platform, Marseile

Dr. Michel GHO, Laboratoire de Biologie du Développement, IBPS, Paris

Dr. Nicolas HECK, Neurobiologie Paris-Seine, IBPS, Paris

Dr. Eglantine HEUDE, Laboratoire Physiologie moléculaire et Adaptation, MNHN, Paris

Dr. Katja WASSMANN, Laboratoire de Biologie du développement, IBPS, Paris

BIOM, Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer

PHASEVIEW

Plaquette

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